生物信息學(xué)主要研究方向：DNA/RNA/蛋白質(zhì)測序，序列比對，基因發(fā)現(xiàn)，基因組組裝，藥物設(shè)計(jì)，藥物發(fā)現(xiàn)，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對和預(yù)測，通過使用計(jì)算密集型技術(shù)（用于模式識別，數(shù)據(jù)挖掘，機(jī)器學(xué)習(xí)算法和可視化）來加深對生物過程的理解。因此需要配備先進(jìn)的計(jì)算設(shè)備和豐富專業(yè)的分析軟件，這里天下數(shù)據(jù)將和你分享做生信分析需要的服務(wù)器配置，希望對你有幫助~

1、CPU

CPU是計(jì)算機(jī)的大腦，計(jì)算機(jī)的計(jì)算主要就是靠CPU來完成，所以CPU非常重要，CPU的計(jì)算速度決定了計(jì)算機(jī)的計(jì)算能力。也就是水桶效應(yīng)中最上面的那塊木板。比如序列拼接這個(gè)工作，需要將測序的reads切成更小的片段，那么這些片段有數(shù)百萬至數(shù)千萬，需要非常大的計(jì)算量。如果數(shù)據(jù)復(fù)雜，計(jì)算量就更大了。

另外，CPU還需要支持多核心，CPU就是大腦，一個(gè)核心就是一個(gè)心眼兒，我們都知道心眼越多的人越聰明，多核心就可以進(jìn)行并行計(jì)算。在生物信息分析中，有些工作，可以進(jìn)行并行計(jì)算，相當(dāng)于原來一個(gè)人的工作，現(xiàn)在由100個(gè)同樣的人來做，理論上速度快了100倍。因此，在硬件配置中，選擇CPU是非常重要的。IdcbESt.cOM

2、內(nèi)存

內(nèi)存是CPU和硬盤之間數(shù)據(jù)交流的媒介，計(jì)算機(jī)需要將存儲在硬盤上的數(shù)據(jù)讀取到內(nèi)存中，CPU才能用來計(jì)算，而CPU不能直接讀取硬盤上的數(shù)據(jù)，必須通過內(nèi)存這個(gè)緩沖區(qū)。舉個(gè)例子，CPU是大腦，內(nèi)存是脖子，脖子以下是硬盤，內(nèi)存往往就是我們常說的“瓶頸”。

假設(shè)一個(gè)人的全基因組測序數(shù)據(jù)，采用二代測序的方法，人的基因組3G，10倍數(shù)據(jù)30G，那么這30G的堿基，再切成更小的kmer，假設(shè)數(shù)據(jù)增加到了100G，這不算存儲序列的一些其它信息，序列拼接的時(shí)候必須完成一次將所有數(shù)據(jù)同時(shí)存入內(nèi)存，如果內(nèi)存達(dá)不到100G，拼接根本無法完成。

3、硬盤

硬盤其實(shí)是計(jì)算機(jī)硬件配置中非常重要的一環(huán)，但是硬盤往往容易被大家忽略掉，認(rèn)為硬盤用來存儲數(shù)據(jù)，只要足夠大就行了，這是不對的。

首先大存儲量是必須的，因?yàn)樯�物�?shù)據(jù)往往都稱為生物大數(shù)據(jù)，非常消耗存儲空間，包括原始的數(shù)據(jù)存儲，中間分析結(jié)果，最終結(jié)果，數(shù)據(jù)備份等，尤其是在樣品量大的時(shí)候，就會非常占據(jù)存儲空間，一般都是以T為單位的。

其次，硬盤的讀寫速度，這個(gè)也是非常重要的因素，因?yàn)槟壳癈PU計(jì)算速度和內(nèi)存已經(jīng)足夠大了，這樣的條件下，硬盤稱為限制計(jì)算機(jī)整體性能的因素。因此使用SSD硬盤會明顯改善計(jì)算機(jī)性能。由于目前SSD過于昂貴，可以選擇SSD+機(jī)械硬盤的方案，硬盤要做成RAID提高讀寫速度和數(shù)據(jù)安全性。

4、顯卡

可以選配顯卡，但顯卡并不是必須的，因?yàn)楹芏喾治龉ぷ鞫际俏谋静僮�，顯卡適合于圖形計(jì)算，例如計(jì)算蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)，構(gòu)建系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)等，可以選擇配置顯卡。

5、不間斷電源UPS

UPS相當(dāng)于一個(gè)大的移動(dòng)電源，為了防止突然斷電，導(dǎo)致數(shù)據(jù)丟失。UPS還是非常重要的。有些生物計(jì)算需要持續(xù)很長時(shí)間，例如拼接一個(gè)大的基因組，構(gòu)建一個(gè)大的系統(tǒng)發(fā)育數(shù)等可能數(shù)十天時(shí)間，一旦斷電，損失非常大，不要心存僥幸心理，災(zāi)難往往就發(fā)生在那些心存僥幸心理的人身上。IdcbESt.cOM

6、其它

冷卻系統(tǒng)，如果是大型計(jì)算系統(tǒng)，設(shè)備會產(chǎn)生大量熱量，需要建設(shè)冷卻系統(tǒng)。

以上就是關(guān)于生信分析服務(wù)器配置的建議。

天下數(shù)據(jù)可以提供從工作站到機(jī)架式服務(wù)器的各種硬件配置，且可以根據(jù)您的計(jì)算類型，合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小，實(shí)現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。

天下數(shù)據(jù)生信專用服務(wù)器系統(tǒng)的優(yōu)勢

1、硬件：根據(jù)用戶的計(jì)算需求，我們可以提供從工作站到機(jī)架式服務(wù)器的各種硬件配置，且可以根據(jù)您的計(jì)算類型，合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小，實(shí)現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。

2、軟件：在基礎(chǔ)版中，根據(jù)用戶需求我們安裝了常用生信軟件；進(jìn)階版中，我們將常用軟件封裝、串聯(lián)成分析模塊，通過單行命令即可完成很多常規(guī)分析內(nèi)容，如基因表達(dá)量計(jì)算、突變檢測、基因功能注釋等，讓用戶開機(jī)即可開始生信數(shù)據(jù)的分析。

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